| structure name | ENGINEERED VARIANT OF I-ONUI MEGANUCLEASE WITH IMPROVED THERMOSTABILITY AND FULLY ALTERED SPECIFICITY TARGETING CHOLERA TOXIN A SUBUNIT (I-ONUI-E-THERM-BCTXA) |
| reference | Stoddard et al. Structure 28 760 2020 |
| source | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| experiment | X-ray (resolution=2.72, R-factor=0.228) |
| structural superfamily | Homing endonucleases; |
| sequence family | LAGLIDADG endonuclease; |
| links to other resources | NAKB  PDIdb DNAproDB |
| protein sequence | |
| interface signature | SRRRKEEKSARRWCFNLQCSYLKFWET |
Estimated binding specificities ?
| readout + contact |  |
A | 84 92 6 96 96 0 0 96 0 96 24 11 0 96 0 0 88 0 75 0 96 72 C | 3 0 3 0 0 0 1 0 0 0 24 11 0 0 96 96 0 0 7 96 0 7 G | 3 0 3 0 0 96 7 0 96 0 24 13 96 0 0 0 7 96 7 0 0 10 T | 6 4 84 0 0 0 88 0 0 0 24 61 0 0 0 0 1 0 7 0 0 7scan! |
Dendrogram of similar interfaces ?
matrix formatSA--RGRGNT--KTSTST--EC--QG--TA--------------ST------AT--KG----CAFCNT--IT--STKT--QAQA----TA--YA--KG--YG--KG--FTWT----TA-- L +6bd0_A +-7 SA--RARGRG--KT------EC--EC--KG--------------ST------ATRGRG--WGCAFTNT--LA--------QACT--SA----YT--LA--KG------FTWCEA--TT-- L ! +6uw0_B +-13 SALTRGRGNT--KT--ST--EC--QG--TAHAKA----------ST----------KGTCWTCAFCNT--SC--KG--TTQAKG----SC--YG--KG--KG--KG--FTWCEA--TG-- L ! ! +6uwj_A ! ! +-8 STIGRGRG------MCLT--EC--ST--KG----------TT--NA--------MGRTSCWGHT--NC--WC--RG------QG----ST--YG--LA--KG--RG--LTWC--RGTG-- L ! +-9 +5t2n_A +-14 ! SCMCRGRG--------YT--ST--EC--TT--------------RG------TTRG----WTTTYTHG------------YCRGRGIT--------QC--KA--------MCHT--TGKT L ! ! +5thg_A ! ! SC--YT--------------RGKGTT--TC------IG--AC--NA------AT--IC--WAHT--EC--IT------RCHTRGRGETAA------YT--QA--YT--RTWCRGSTST-- L +-17 ! +5t8d_A ! ! +-11 STSTYC----------EC--RG------------------TA--AA------VAQTRT--WTYC----------------QARTRGEC--------YA--KG--KG--RTWC-------- L ! ! +5t2o_A ! ! SA--RGRGNT--KTSTST--EC--QG--TA--------------ST------AT--KG----CAFCSC--IT--ST--STQAQA----TA--YA--KG--KG--KG--FTWCEA--TA-- L +----19 +4yhx_A ! ! SGMGRGRG----KTYALT--VT------TT----------KT--SC----------RGEC--SAKGIG--------SGITQAIA--QATC------EC--DT--RG----WTYC--TC-- L ! ! +4lox_A ! ! +-10 ST--NAVTHG--TCNAAT--LCYCEC--AT--------YG--NA--SADC--TCKTKGSA--CTFTST----ST--KTSTATQA--KTTG--RA--ET--RG--------ATDT--TA-- L ! ! ! +4lq0_A ! +-15 STMG--------KGYCRT----RGVT--SA----------FC--MC------STQTRGEC--CTSTVA--FTST--TCSCATKA--ITTC------ST--------DARGTC--KTTG-- L +------------23 ! +5esp_A ! ! +-12 --MGTASG------RAST--RGRGRG--------------------------DTRGRCEC--SAYCRA----NT--TCLCQAQA--QATG----------RG--------CC----TARG L ! ! +6bce_A ! ! SGSTLGQG----KTYARG--KGVT----------------HC--HG--------QTRTDC--SANAKG----ST--TASARGQGRG--------------YC----------RTEAVG-- L ! ! +-4yis_A ! ! +----18 --MTHTEC--------RG--RG--QG--KG------------NT--------ET--KTRG--SG----------------YTST--RGST------NT----HTNC----AT--VTRG-- L ! ! ! +-4z1x_A ! +-21 SAYCKAITRA--YG--------------IG--------RG----RT--DT--IADG--IA--SAYCKTPTRG--DCYA----------IG----NA--RG------RTDTICDG--IA-- L ! ! +----3fd2_A ! +-20 STITQA------ST--RG--RG--YC--TC------YC--RG----SG----VAQT------STITQAKG--RG--STNTQT----ATTC----------YT--SC----VCDTRGST-- L ! +----3mxa_A ! --YT------------RGSGECRG--TG----------QG--VG----DCTARTEARGSC--SAIAQA----NT--SCYAQA----QATG------YC--RG--RG----VA-------- L ! +------------1mow_A ! +-24 --------------------------------------------------------------SANCSC--KGLT--------DAECNATG------RC--KGST------------DAQA L +--28 ! +------------2ex5_A ! ! ! SGIGQAKGNC--SC--RG--QG--DG--TA------YC--AT----SC----VCKGRG-------------------------------------------------------------- L ! ! ! +6fb0_A ! ! +--25 +-3 STITQANGNT--SC--RG--RG--YC--TC----------RG----------VCQT---------------------------------------------------------------- L ! ! ! ! +-4 +2xe0_A ! ! ! ! ! ! STITQAKGRG--STNTQT--ST--AT--TC----------YT----SC----VCDTRGST------------------------------------------------------------ L ! ! ! ! +-----16 +3mxb_B ! ! ! ! ! ! SAYCLCITRGDCYA--QG----------IG----NA--RG----RG--DT--IC--RG-------------------------------------------------------------- L ! ! ! +---22 +2fld_B ! ! +-26 ! SAIAQGKTNT--SCYAQA------QA--TC------YA--RG----RG--SAVA------------------------------------------------------------------ L ! ! ! ! +-------1t9i_B -29 ! ! ! STITQAKGRG--STNTQG--ST--AT--TC----------YT----SC----VCDTRGST------------------------------------------------------------ L ! ! ! ! +2xe0_B ! ! ! ! +-5 STITQANG----ST--RG--RG--YC--TC------YC--RG----------VCQT---------------------------------------------------------------- L ! +--27 +----------------6 +3mxb_R ! ! ! SAIAQA------SC--RG--KG--QA--TA------YC--------ST----VA------------------------------------------------------------------ L ! ! +2vbl_B ! ! SASGSAKGQT--DCVTRG--DA--------TG----RC--MTAT--QA----------DA------------------------------------------------------------ L ! ! +3e54_A ! +-----------------2 CA--QGVTRG--DCYA----RT------FA----------RG--RGNTDT--MCEA---------------------------------------------------------------- L ! +5a74_B ! YTSTTC----------YT--TC------EC------------RG--RG--------RGRG--CCSTYG------------YTITSTDC--AT----------YA------CCKTKGTT-- L ! +2qoj_Z +-------------------------1 --YCSTTC--------YC--TGET----EC------------RG--RG----MA--RGRG--CCST--------------YTITSTDT--AT----------YA----TTCCRTKTTA-- L +3uvf_B |
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updated Tue Dec 19 15:02:58 2023