| structure name | CRYSTAL STRUCTURE OF THE I-SMAMI LAGLIDADG HOMING ENDONUCLEASE BOUND TO CLEAVED DNA (LAGLIDADG homing endonuclease I-SmaMI) |
| reference | Stoddard et al. 'To ? ? ? |
| source | Sordaria macrospora |
| experiment | X-ray (resolution=1.98, R-factor=0.191) |
| structural superfamily | Homing endonucleases; |
| sequence family | LAGLIDADG endonuclease; |
| redundant complexes | 4z1z_A
4z20_D
5e5o_A
 5e5s_A
5e63_A
5e67_A
|
| links to other resources | NAKB  PDIdb DNAproDB |
| protein sequence | |
| interface signature | SMRRKYLVSTKSSRESKIKSIQIQTEDRWYT |
Estimated binding specificities ?
| readout + contact |  |
A | 10 5 96 0 96 5 0 0 0 81 5 24 24 24 10 0 96 0 0 96 0 96 C | 10 5 0 96 0 75 96 0 0 5 5 24 24 24 0 0 0 0 0 0 0 0 G | 66 6 0 0 0 6 0 0 96 5 5 24 24 24 85 96 0 96 96 0 0 0 T | 10 80 0 0 0 10 0 96 0 5 81 24 24 24 1 0 0 0 0 0 96 0scan! |
Dendrogram of similar interfaces ?
matrix formatSGMGRGRG------KTYA----LTVT----TT----------KT--SC----------RGEC--SAKGIGKT------SGITQAIA--QATC--EC--DT--RG--WTYC----TC-- L +4lox_A +-6 ST--NAVT--HG--TCNA----ATLCYCECAT----------YG----SADC--TCKTKGSA--CTFTSTYA--ST--KTSTATQA--KTTGRAET--RG------ATDT----TA-- L ! +4lq0_A +-12 SA--RARG--RG--KT--------EC--ECKG--------------ST------ATRGRG--WGCAFTNT--LA--------QACT--SA--YTLA--KG------WCEA----TT-- L ! ! +6uw0_B ! ! +-1 SA--RGRG--NT--KTST----STEC--QGTA--------------ST------AT--KG----CAFCNT--IT--STKT--QAQA----TAYAKG--YG--KGFTWT------TA-- L ! +-5 +6bd0_A +-14 ! SALTRGRG--NT--KT------STEC--QGTAHAKA----------ST----------KGTCWTCAFCNT--SC--KG--TTQAKG----SCYGKG--KG--KG--WCEA----TG-- L ! ! +6uwj_A ! ! STMG----------KGYC----RT--RGVTSA----------FC--MC------STQTRGEC--CTSTVAFT--ST--TCSCATKA--ITTC--ST----DA--RGTC--KT--TG-- L +---17 ! +5esp_A ! ! +-7 --MGTASG--------RA----STRGRGRG------------------------DTRGRCEC--SAYCRAAT--NT--TCLCQAQA--QATG------------RGCC------TARG L ! ! +6bce_A ! ! SA--RGRG--NT--KTST----STEC--QGTA--------------ST------AT--KG----CAFCSC--IT--ST--STQAQA----TAYAKG--KG--KG--WCEA----TA-- L ! +4yhx_A ! ------RA--RG--------RTRGSTRTQGTA--------------SC------ATMCRGTC--HC--NAKT----------YA--RG--SA--RT--KG--KG--WTECET--TT-- L ! +5t2h_A ! +-8 SC--YT------------------RGKGTTTC------IG--AC--NA------AT--IC--WAHT--ECIT--------RCHTRGRGETAA--YT--QA--YTRTWCRGST--ST-- L +-20 +-10 +5t8d_A ! ! ! ! SCMCRG--RG------------YTST--ECTT--------------RG------TTRG----WTTTYTHG------------YCRGRGIT----QC----------MCHT----TGKT L ! ! +-11 +5thg_A ! ! ! ! STIGRGRG--------MC----LTEC--STKG----------TT--NA--------MGRTSCWGHT--NCWC--RG--------QG----STYGLA--KG--RG--WC--RG--TG-- L ! ! ! ! +5t2n_A ! ! +-16 +-9 STST------------------ECRG----------------TA--AA------VAQTRT--WTYC----AT----------QARTRGEC----YA--KG--KG--WC---------- L +-21 ! ! ! +5t2o_A ! ! +-19 ! --MTHTEC--------------RGRG--QGKG------------NT--------ET--KTRG--SG--YA------------YTST--RGST--NTHTNC------AT--VT--RG-- L ! ! ! +4z1x_A ! ! ! CGRG------------STTTKARGQTFAQGNG----------HC--SC------LAQGRGQA--CCMT--AC--ST--AT--QAYA--ICTA--RT------KGRTVAEC--QT---- L ! ! +--4yit_A +-------23 ! STITQA--------ST------RGRG--YCTC------YC--RG----SG----VAQT------STITQAKG--RG--STNTQT----ATTC------YT--SC--VCDTRG--ST-- L ! ! ! +-3mxa_A ! ! +----18 SAYCKAIT--RADCYG--------------IG--------RG----RT--DT--IADG--IA--SAYCKTITPTRGDCYA----------IGNARG----RT--DTICDG----IA-- L ! ! +-3fd2_A +-25 ! SGSTLGQG------KTYA----RGKGVT--------------HC--HG--------QTRTDC--SANAKGSC--ST--TASARGQGRG--------------------RTEA--VG-- L ! ! +--------4yis_A ! ! ----------------------------------------------------------------SANCSCKG--LT--------DAECNATG--RC--ST--------------DAQA L ! ! +-------2ex5_A ! +--------22 SAIAQA--------SC------RGKG--QATA------YC--------ST----VA-------------------------------------------------------------- L ! +-------2vbl_B +-----26 STITQAKG--RG--STNT----QTST--ATTC----------YT----SC----VCDTRGST-------------------------------------------------------- L ! ! +3mxb_B ! ! +---------2 STITQANG--NT--SC------RGRG--YCTC------------RG--------VCQT------------------------------------------------------------ L ! ! ! +2xe0_A ! ! ! STITQAKG--RG--STNT----QGST--ATTC----------YT----SC----VCDTRGST-------------------------------------------------------- L ! ! ! +2xe0_B ! +--------24 +-3 SGIGQAKG--NC--SC------RGQG--DGTA------YC--AT----SC----VCKGRG---------------------------------------------------------- L -27 ! +-4 +6fb0_A ! ! ! ! SAIAQGKT--NT--SCYA----QA----QATC------YA--RG----RG--SAVA-------------------------------------------------------------- L ! ! +-13 +1t9i_B ! ! ! ! CA--QGVT--RG--DCYA------RT----FA----------RG--RGNTDT--MCEA------------------------------------------------------------ L ! +-------15 +5a74_B ! ! SAYCLCIT--RGDCYA------QG------IG----NA--RG----RG--DT--IC--RG---------------------------------------------------------- L ! +2fld_B ! ----------------------------------------------------------------------DT------------------------------NCKT------------ L +--------------------------3c0w_A |
home
updated Tue Dec 19 09:06:12 2023