interface graph thumbnail
legend  pdf

structure nameE-DREI
referenceMonnat Jr. et al. Mol.Cell 10 895 2002
experimentX-ray (resolution=2.40, R-factor=?)
structural superfamilyHoming endonucleases;
sequence familyLAGLIDADG endonuclease;
links to other resourcesNAKB PDBSum PDIdb DNAproDB
protein sequence
interface signatureYLYRSERTQVDTRERSSIQKNSYQQTYRRVT

Estimated binding specificities ?

readout + contactlogo
# IC=22.332 IC/col=1.063 n_of_columns=21 specificity:   
A |   0  96  96  61   0   0   0   0   0  24  24  45  87   0   0   0   0   0   0   0   0
C |  96   0   0   8  96   0   0   0  96  24  24  17   0   0   0  17  96  96   0   0  96
G |   0   0   0  17   0   0  96   0   0  24  24  17   8  96   0   0   0   0  96  96   0
T |   0   0   0  10   0  96   0  96   0  24  24  17   1   0  96  79   0   0   0   0   0
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Dendrogram of similar interfaces ?

matrix format
  
  --YTLT--YC----RGSGECRG----TG------QG--VG----DCTARTEARGSCSAIAQA--KG--NT--SCYAQA----QA--TGYC--RG--RG----VA----------------TC--   L                        +----1mow_A    
                                                                                                                                                  +------13  
  STIT----------RG--RG----YC--TC----YC--RG--SG----VAQT----STITQA--KG--RG--STNTQT----AT--TC----YT--SC----VC--DTRG--ST----KGTG--   L                !       !  +-3mxa_A    
                                                                                                                                                  !       +-11  
  SAYCKA----------------------IG----RG----RT--DT--IADG--IASAYCKT--ITPTRGDCYA------------IG--NA--RT--DT--IC--DG----IA----------   L          +----15          +-3fd2_A    
                                                                                                                                            !     !  
  --------------------------------------------------------CA--QG--VT--RG--DCYA--RT------FA----RGRGNTDT--MC--EA------------KT--   L          !     !          +-5a74_B    
                                                                                                                                            !     +---------12  
  --------------------------------------------------------SAIAQA----------SC--RGKG--QA--TAYC------ST----VA--------------KTTT--   L          !                +-2vbl_B    
                                                                                                                                            !  
  ST------------AT--LCYC--EC--AT----YG--NA--SADC--TCKTKGSACTFTST--YA--ST--KTSTATQA--KT--TGRA--RG--------AT--DT----TA----------   L          !                   +4lq0_A    
                                                                                                                                            !                   ! 
  CGRG--ST--TTKARG--QTFA--QG--NG------HC--SC------LAQGRGQACCMT----AC--ST--AT--QAYA--IC--TART------KGRT--VA--EC--QT------------   L          !                   !       +4yit_A    
                                                                                                                                            !                   !     +-4 
  STMG----------RT----RGVT--SA------FC----MC------STQTRGECCTSTVA--FT--ST--TCSCATKA--IT--TC----STDA--RG--TC----KT--TG----------   L   +-----18                   !   +-6 +5esp_A    
                                                                                                                                     !      !  +----------------9   ! ! 
  SA------------ST--EC----QG--TA----------ST------AT--KG--CAFCNT----IT--STKT--QAQA------TAKG--YG--KG----WT--------TA----------   L   !      !  !                !   ! +6bd0_A    
                                                                                                                                     !      !  !                ! +-7 
  STIGRG--------LT--EC--ST--KG--------TT--NA--------MGRTSCHT--NC--WC--RG--------QG------STLA--KG--RG----WC----RG--TG----------   L   !      !  !                ! ! !   +5t2n_A    
                                                                                                                                     !      !  !                ! ! ! +-1 
  SA----------------EC----EC--KG----------ST------ATRGRG--CAFTNT----LA--------QACT--SA----LA--KG--------WC--EA----TT----------   L   !      !  !                +-8 +-5 +6uw0_B    
                                                                                                                                     !      !  !                  !   ! 
  SALT----------ST--EC----QG--TAHAKA------ST----------KGTCCAFCNT----SC--KG--TTQAKG------SC--------------WC--EA----TG----------   L   !      !  !                  !   +6uwj_A    
                                                                                                                                     !      +-17                  ! 
  --MGTA--------ST--RGRG--RG----------------------DTRGRCECSAYCRA--AT--NT--TCLCQAQA--QA--TG------RG--RG--CC--------TARG--------   L   !         !                  +6bce_A    
                                                                                                                                   -19         !  
  --------------------------------------------------------STITQA--KG--RG--STNTQTST--AT--TC----YT--SC----VC--DTRG--ST----KGTG--   L   !         !                     +3mxb_B    
                                                                                                                                     !         !                   +-2 
  --------------------------------------------------------SGIGQA--KG--NC--SC--RGQG--DG--TAYC--AT--SC----VC--KGRG----------TT--   L   !         !                 +-3 +6fb0_A    
                                                                                                                                     !         !                 ! ! 
  --------------------------------------------------------STITQA--NG--NT--SC--RGRG--YC--TC----RG--------VC--QT------------TT--   L   !         !  +-------------10 +2xe0_A    
                                                                                                                                     !         !  !              !  
  --------------------------------------------------------SAYCLC--IT--RGDCYA--QG--------IG--NA--RG--DT--IC----RG--------------   L   !         +-16              +2fld_B    
                                                                                                                                     !            !  
  --------------------------------------------------------SANCSC--KG--LT--------DAECNA--TG----RC------------------DA--QA----QC   L   !            +---------------2ex5_A    
                                                                                                                                     !  
  --YTLT--YC----RGSGECRGVT--TG------QG--VG------TARTEARGSC----------------------------WC------DCDC--RGHA--VC------------------   L   !               +---------2vs7_A    
                                                                                                                                     +--------------14  
  YGRGRG----------------QG--EC----------------------------------WADT------------------------------NCKT------------------------   L                   +---------3c0w_A    
                                                                                                                                   

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