1ahd_P

A |   5   0  10  69  82   4   0  21  24  24   4
C |   0  96   0   8   4   0   0   6  24  24   4
G |   0   0   4  11   4   5  96  65  24  24   6
T |  91   0  82   8   6  87   0   4  24  24  82

  
  --RA--------IT----QTNA--MG----   L                              +5zjt_E    
                                          +-----------------------1 
  RCRT--------NT------NA--IT----   L      !                       +5zjt_B    
                                          !  
  --RT------KTIA----QCNA------RT   L      !                       +1ig7_A    
                                          !                     +-3 
  --RT--------NT------NA--IARG--   L      !              +------6 +1b72_B    
                                       +-10              !      ! 
  ------------NC----ITNA--RGRG--   L   !  !    +---------7      +-6fqq_E    
                                       !  !    !         ! 
  ------------IA------NA--------       !  !    !         !       +4qtr_D    
                                       !  !    !         +-------4 
  --RT--------IT----QCNA--ACRG--   L   !  !    !                 +6a8r_A    
                                       !  +----9 
  --RT--------IA----KGNA--------   L -11       !                   +2hdd_A    
                                       !       !                 +-2 
  --RT--------NT------NA----RG--   L   !       !       +---------5 +1b8i_B    
                                       !       !       !         ! 
  ------YTVC----KGDC----KC------   L   !       +-------8         +2qhb_A    
                                       !               ! 
  --RA------KGSA----QA----------   L   !               +----------6j5b_C    
                                       !  
  --RAYA------IA----QCNA--YCKG--   L   +--------------------------5flv_I