7zsa_7ABMOQRUWXabcdefgh : 3D-footprint complex

Interface of input file ?

structure name	YEAST RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH THE +1 NUCLEOSOME AND NTP (COMPLEX B)
experiment	NMR
links to other resources	NAKB PDIdb DNAproDB
protein sequence	> 7zsa_7 interface=305,497,517, padfvpdsvsgmfrshdfsylrlrpdhasrplwispsdgriilesfsplaeqaqdflvtiaepisrpshiheykitayslyaavsvgletddiisvldrlskvpvaesiinfikgatisygkvklvikhnryfvettqadilqmllndsvigpvhsfeianesvevvkkrcqeidypvleeydfrndhrnpdldidlkpstqirpyqekslskmfgngrarsgiivlpcgagktlvgitaactikksvivlctssvsvmqwrqqflqwctlqpencavftsdnkemfqtesglvvstysmvantRnrshdsqkvmdfltgrewgfiildevhvvpaamfrrvvstiaahaklgltatlvreddkigdlnfligpklyeanwmelsqkghianvqcaevwcpmtaefyqeylretarkrmllyimnptkfqacqfliqyherrgdkiivfsdnvyalqeyalkmgkpfiygstpqqermnilqnfqyndqintiflsKvgdtsidlpeatcliqissHygsrrqeaqrlgrilrakrrndegfnaffyslvskdtqemyystkrqaflvdqgyafkvithlhgmenipnlayasprerrellqevllknhplirkmy > 7zsa_A interface= vgqqyssaplrtvkevqfglfspeevraisvakirfpetmdetqtrakigglndprlgsidrnlkcqtcqegmnecpghfghidlakpvfhvgfiakikkvcecvcmhcgkllldehnelmrqalaikdskkrfaaiwtlcktkmvcetdvpseddptqlvsrggcgntqptirkdglklvgswkkdpelrvlsteeilnifkhisvkdftslgfnevfsrpewmiltclpvppppvrpsisfnesqrgeddltfkladilkanisletlehngaphhaieeaesllqfhvatymdndiagqpqAlqksgrpvksirarlkgkegrirgnlmgkrvdfsartvisgdpnleldqvgvpksiaktltypevvtpynidrltqlvrngpnehpgakyvirdsgdridlryskragdiqlqygwkverhimdndpvlfnrqpslhkmsmmahrvkvipystfrlnlsvtspynadfdgdemnlhvpqseetraelsqlcAvplqivspqsnkpcmgivqDtlcgirkltlrdtfieldqvlnmlywvpdwdgviptpaiikpkplwsgkqilsvaipngihlqrfdegttllspkdngmliidgqiifgvvekktvgssngglihvvtrekgpqvcaklfgniqkvvnfwllhngfstgigdtiadgptmreitetiaeakkkvldvtkeaqanlltakhgmtlresfednvvrflneardkagrlaevnlkdlnnvkqmvmagskgsfiniaqmsacvgqqsvegkriafgfvdrtlphfskddyspeskgfvensylrgltpqefffhamggreglidtavktaetgyiqrrlvkaledimvhydnttrnslgnviqfiygedgmdaahiekqsldtiggsdaafekryrvdllntdhtldpsllesgseilgdlklqvlldeeykqlvkdrkflrevfvdgeanwplpvnirriiqnaqqtfhidhtkpsdltikdivlgvkdlqenllvlrgkneiiqnaqrdavtlfccllrsrlatrrvlqeyrltkqafdwvlsnieaqflrsvvhpgemvgvlaaqsigepatqmkvtsgvprlkeilnvaknmktpsltvylepghaadqeqaklirsaiehttlksvtiaseiyydpdprstvipedeeiiqlhfsllsfdqqspwllrleldraamndkdltmgqvgerikqtfkndlfviwsedndekliircrvvrpksldaeteaeedhmlkkientmlenitlrgveniervvmmkydrkvpsptgeyvkepewvletdgvnlsevmtvpgidptriytnsfidimevlgieagraalykevynviasdgsyvnyrhmallvdvmttqggltsvtrhgfnrsntgalmrcsfeetveilfeagasaelddcrgvsenvilgqmapigtgafdvmideeslvkym > 7zsa_B interface= fedesapitaedswavisaffrekglvsqqldsfnqfvdytlqdiicedstlileqlaqhttesdnisrkyeisfgkiyvtkpmvnesdgvthalypqearlrnltyssglfvdvkkrtyeaidvpgrelkyeliaeesegkvfigrlpimlrskncylseatesdlyklkecpfdmggyfiingsekvliaqersagnivqvfkkaapspishvaeirsalekgsrfistlqvklygregssartikatlpyikqdipiviifralgiipdgeilehicydvndwqmlemlkpcvedgfviqdRetaldfigrrgtalgikkekriqyakdilqkeflphitqlegfesrkafflgyminrlllcaldrkdqddrdhfgkkrldlagpllaqlfktlfkkltkdifrymqrtveeahdfnmklainaktitsglkyalatgnwgeragvsqvlnrytysstlshlrrtntpigklakprqlhnthwglvcpaetpEgqacglvknlslmscisvgTdpmpiitflsewgmepledyvphqspdatrvfvngvwhgvhrnparlmetlrtlrrkgdinpevsmirdirekelkiftdagrvyrplfiveddeslghkelkvrkghiaklmateyqdidveeytwssllneglveyidaeeeesiliamqpedlepaedvdpakrirvshhattfthceihpsmilgvaasiipfpdhnqsprntyqsamgkqamgvfltnynvrmdtmanilyypqkplgttrameylkfrelpagqnaivaiacysgynqedsmimnqssidrglfrslffrsymdqekkygmsitetfekpqrtntlrmkhgtydkldddgliapgvrvsgedviigkttpispdeeelgqrtayhskrdastplrstengivdqvlvttnqdglkfvkvrvrttkipqigdkfasrhgqkgtigityrredmpftaegivpdliinphaipsrmtvahliecllskvaalsgnegdaspftditvegiskllrehgyqsrgfevmynghtgkklmaqiffgptyyqrlrhmvddkiharargpmqvltrqpvegrsrdgglrfgemerdcmiahgaasflkerlmeasdafrvhicgicglmtviaklnhnqfeckgcdnkidiyqihipyaakllfqelmamnitprlytdrsrdf > 7zsa_M interface= rgpnlnivltcpeckvyppkiverfsegdvvcalcglvlsdklvdrvgeasnplldgnnlstrigkgettdmrftkelnkaqgknvmdkkdnevqaafakitmlcdaaelpkivkdcakeayklchdektlkgksmesimaasiligcrraevartfkeiqslihvktkefgktlnimknilrgksedgflkidtdnmsgaqnltyiprfcshlglpmqvttsaeytakkckeikeiagkspitiavvsiylnillfqipitaakvgqtlqvtegtiksgykilyehrdklvdpqliangvvslDnlpgv > 7zsa_O interface=9,10,12,40,41,55,57,63,65,99,100,102,131,132,146,148,154,156, tsgivptlQNiVatvtlgcrldlktvalharnaeynpkrFAavimrirepkttaLiFasgkmVvTgakseddsklasrkyariiqkigfaakftdfkiQNiVgscdvkfpirleglafshgtfssyepelFPgliyrmvkpkivlLiFvsgkiVlTgakqreeiyqafeaiypvlsefrkm > 7zsa_Q interface= naspfikrDRmRrnflrmrdpneynefplraipkedlenMRthllkfqskkkinPvTdfhlpVrLhrkdtrnlqfqltraeivqrqkeiseykklrrkTRqLkvldenakklrfeefypwvmedfdgyntWVgsyeagnsdsyvlLsVeddgsFtMipadkvykftarnkyatltideaekrmdkksgevprwlmkhldnigttttrydrtrrklkavadq > 7zsa_R interface=257, evfdgndiennetkvyeesldldlersnrqvwlvrlpmflaekwrdrnnlhgqelgkirinkdgskitlllnendndsipheydleltkkvveneyvfteqnlkkyqrdryipyvktipkktaivgtvchecqvmpsmndpnyhkiveqrrnivklnnkerittldetvgvtmshtgmsmrsdnsnflkvgrekaksniksirmpkkeildylfklfdeydywslkglkertrqpeahlkecldkvatlvkkgpyaFkytlrpeykkl > 7zsa_U interface= naeasrvyeiivesvvnevredfenagideqtlqdlkniwqkkltetkvttfswdylispdenlmlclydkvtrtkarwkcslkdgvvtinrndytfqkaqveaewv > 7zsa_W interface= drpiddivknllkfvvrgfyggsfvlvldailfhsvlaeddlkqllsinktelgpliarlrsdrlisihkqreyppnsksvervyyyvkyphaidaikwkvhqvvqrlkddldknsepngymcpicltkytqleavqllnfdrteflcslcdeplveddsgkknkekqdklnrlmdqiqpiidslkkiddsrieentfeialarlippqnqshaaytynpkkgstmatlhinittasdevaqrelqerqaeekrkqNavpewhkqstigktalgreerenektlndyyaalakkqaledefedv > 7zsa_X interface=192, siaaaalqanqtdiskshdsskllwateyiqkkgkpvlvnelldylsmkkddkviellkkldriefdpkkgtfkylstydvhspsellkllrsqvtfkgisckdlkdgwpqcdetinqleedskilvlrtkkdktpryvwynsggnlkcideefvkmwenvqlpqfaelprklqdlglkpasvdpatikrqRkgkitnthmtgilkdyshr > 7zsa_a interface=6,8,49, vkkphRyRpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaseaylvalfedtnlaaihakrvtimpkdiqlarrirger > 7zsa_b interface=16, kvlrdniqgitkpaiRrlarrggvkrisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfg > 7zsa_c interface=31, akaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyaeRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlavrndeelnkllgrvtiaqggvlpniqsvllpk > 7zsa_d interface= trkesyaiyvykvlkqvhpdtgisskamsiMnsfvndvferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsak > 7zsa_e interface=4,47, kphRyrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaseaylvalfedtnlaaihakrvtimpkdiqlarrirger > 7zsa_f interface=29, rhrkvlrdniqgitkpairrlarrggvkRisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfgg > 7zsa_g interface=31,64, akaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyaeRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkKtriiprhlqlavrndeelnkllgrvtiaqggvlpniqsvllpk > 7zsa_h interface= trkesyaiyvykvlkqvhpdtgisskamsiMnsfvndvferiageasrlahynkrstitsreiQtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsak
interface signature	RKH/AAD/RET/D/QNVFALFVTQNVFPLFVT/DRRMRPTVLTRLWVLVFM/F//N/R/RRR/R/R/M/RR/R/RK/MQ

Estimated binding specificities ?

contact

# IC=7.209 IC/col=0.034 n_of_columns=209

specificity:

A |  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  21  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  19  14  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  34  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  42  24  24  24  34  18  24  24  24  24  24  27  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  17  24  24  24  24  24  24  24  24  25  60   9  13  96   2  70   0  92  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
C |  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  31  21  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  31  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  24  24  24  20  42  24  24  24  24  24  22  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  15  24  24  24  24  24  24  24  24  22  12   9  10   0   2  10   0   1  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
G |  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  33  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  38  14  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  23  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  24  24  24  20  18  24  24  24  24  24  25  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  30  15  24  24  24  24  24  24  24  24  22  12   9  10   0   2   8   0   2  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
T |  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  23  21  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  19  52  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  24  24  24  22  18  24  24  24  24  24  22  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  49  24  24  24  24  24  24  24  24  27  12  69  63   0  90   8  96   1  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24

scan!

home
updated Fri Dec 2 07:21:06 2022