7zs9_257AMOQRUWXabcdefgh : 3D-footprint complex

Interface of input file ?

structure name	YEAST RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH THE +1 NUCLEOSOME (COMPLEX A)
experiment	NMR
links to other resources	NAKB PDIdb DNAproDB
protein sequence	> 7zs9_2 interface= slkhsvtqyleeipqqvqnrlytspatclaiyrilpplakffimamvfnenevplldldkwvnsngklqfqnaiksmkslhllipnkssgtlminlnptfkislrnaltggevqnsfgvvveenvvsldlldeysankwetilhfmvgtplakipsekvlnllkhsklmeevnstgefkitnegfqfllqeinsqlwtlllqylkmietskmdlvdvlhfifmlgalevgkaykidalsetqrimlqdmrdyglvfqkhsndsifyptklalmltsdtipdgslivetnfkiysysnsplqiavlslfvhlkarfvnmvlgqitresirraltngitadqiiaylethahpqmrrlaeeklekkleldpnckeplqvlpptvvdqirlwqleldrvityegslysdfetsqeynllskyaqdigvllwkddkkkkffiskegnsqvldfakr > 7zs9_5 interface= ararkgalvqcdpsikalilqidakmsdivleelddthllvnpskvefvkhelnrllskniynpm > 7zs9_7 interface=304,415,496,516,517, padfvpdsvsgmfrshdfsylrlrpdhasrplwispsdgriilesfsplaeqaqdflvtiaepisrpshiheykitayslyaavsvgletddiisvldrlskvpvaesiinfikgatisygkvklvikhnryfvettqadilqmllndsvigvhsfeianesvevvkkrcqeidypvleeydfrndhrnpdldidlkpstqirpyqekslskmfgngrarsgiivlpcgagktlvgitaactikksvivlctssvsvmqwrqqflqwctlqpencavftsdnkemfqtesglvvstysmvantRnrshdsqkvmdfltgrewgfiildevhvvpaamfrrvvstiaahaklgltatlvreddkigdlnfligpklyeanwmelsqkghianvqcaevwcpmtaefyqeylretaRkrmllyimnptkfqacqfliqyherrgdkiivfsdnvyalqeyalkmgkpfiygstpqqermnilqnfqyndqintiflsKvgdtsidlpeatcliqissHYgsrrqeaqrlgrilrakrrndegfnaffyslvskdtqemyystkrqaflvdqgyafkvithlhgmenipnlayasprerrellqevllknhplirkmy > 7zs9_A interface= vgqqyssaplrtvkevqfglfspeevraisvakirfpetmdetqtrakigglndprlgsidrnlkcqtcqegmnecpghfghidlakpvfhvgfiakikkvcecvcmhcgkllldehnelmrqalaikdskkrfaaiwtlcktkmvcetdvpseddptqlvsrggcgntqptirkdglklvgswkkdpelrvlsteeilnifkhisvkdftslgfnevfsrpewmiltclpvppppvrpsisfnesqrgeddltfkladilkanisletlehngaphhaieeaesllqfhvatymdndiagqpQalqksgrpvksirarlkgkegrirgnlmgkrvdfsartvisgdpnleldqvgvpksiaktltypevvtpynidrltqlvrngpnehpgakyvirdsgdridlryskragdIqlqygwkverhimdndpvlfnrqpslhkmsmmahrvkvipystfrlnlsvtspynadfdgdemnlhvpqseetraelsqlCavplqivspqsnkpcmgivQDtlcgirkltlrdtfieldqvlnmlywvpdwdgviptpaiikpkplwsgkqilsvaipngihlqrfdegttllspkdngmliidgqiifgvvekktvgssngglihvvtrekgpqvcaklfgniqkvvnfwllhngfstgigdtiadgptmreitetiaeakkkvldvtkeaqanlltakhgmtlresfednvvrflneardkagrlaevnlkdlnnvkqmvmagskgsfiniaqmsacvgqqsvegkriafgfvdrtlphfskddyspeskgfvensylrgltpqefffhamggreglidtavktaetgyiqrrlvkaledimvhydnttrnslgnviqfiygedgmdaahiekqsldtiggsdaafekryrvdllntdhtldpsllesgseilgdlklqvlldeeykqlvkdrkflrevfvdgeanwplpvnirriiqnaqqtfhidhtkpsdltikdivlgvkdlqenllvlrgkneiiqnaqrdavtlfccllrsrlatrrvlqeyrltkqafdwvlsnieaqflrsvvhpgemvgvlaaqsigepatqmkvtsgvprlkeilnvaknmktpsltvylepghaadqeqaklirsaiehttlksvtiaseiyydpdprstvipedeeiiqlhfsllsfdqqspwllrleldraamndkdltmgqvgerikqtfkndlfviwsedndekliircrvvrpksldaeteaeedhmlkkientmlenitlrgveniervvmmkydrkvpsptgeyvkepewvletdgvnlsevmtvpgidptriytnsfidimevlgieagraalykevynviasdgsyvnyrhmallvdvmttqggltsvtrhgfnrsntgalmrcsfeetveilfeagasaelddcrgvsenvilgqmapigtgafdvmideeslvkym > 7zs9_M interface=273, rgpnlnivltcpeckvyppkiverfsegdvvcalcglvlsdklvdrvgeasnplldgnnlstrigkgettdmrftkelnkaqgknvmdkkdnevqaafakitmlcdaaelpkivkdcakeayklchdektlkgksmesimaasiligcrraevartfkeiqslihvktkefgktlnimknilrgksedgflkidtdnmsgaqnltyiprfcshlglpmqvttsaeytakkckeikeiagkspitiavvsiylnillfqipitaakvgqtlqvTegtiksgykilyehrdklvdpqliangvvsldnlpgv > 7zs9_O interface=9,10,12,40,41,55,57,63,65,100,102,131,132,146,148,154,156, tsgivptlQNiVatvtlgcrldlktvalharnaeynpkrFAavimrirepkttaLiFasgkmVvTgakseddsklasrkyariiqkigfaakftdfkiqNiVgscdvkfpirleglafshgtfssyepelFPgliyrmvkpkivlLiFvsgkiVlTgakqreeiyqafeaiypvlsefrkm > 7zs9_Q interface= naspfikrDRmRrnflrmrdpneynefplraipkedlenMRthllkfqskkkinPvTdfhlpVrLhrkdtrnlqfqltraeivqrqkeiseykklrrktRqLkvldenakklrfeefypwvmedfdgyntWVgsyeagnsdsyvlLsVeddgsFtMipadkvykftarnkyatltideaekrmdkksgevprwlmkhldnigttttrydrtrrklkavadq > 7zs9_R interface=257, evfdgndiennetkvyeesldldlersnrqvwlvrlpmflaekwrdrnnlhgqelgkirinkdgskitlllnendndsipheydleltkkvveneyvfteqnlkkyqrdryipyvktipkktaivgtvchecqvmpsmndpnyhkiveqrrnivklnnkerittldetvgvtmshtgmsmrsdnsnflkvgrekaksniksirmpkkeildylfklfdeydywslkglkertrqpeahlkecldkvatlvkkgpyaFkytlrpeykkl > 7zs9_U interface= naeasrvyeiivesvvnevredfenagideqtlqdlkniwqkkltetkvttfswdylispdenlmlclydkvtrtkarwkcslkdgvvtinrndytfqkaqveaewv > 7zs9_W interface=79, drpiddivknllkfvvrgfyggsfvlvldailfhsvlaeddlkqllsinktelgpliarlrsdrlisihkqreyppnsKsvervyyyvkyphaidaikwkvhqvvqrlkddldknsepngymcpicltkytqleavqllnfdrteflcslcdeplveddsgkknkekqdklnrlmdqiqpiidslkkiddsrieentfeialarlippqnqshaaytynpkkgstmatlhinittasdevaqrelqerqaeekrkqnavpewhkqstigktalgreerenektlndyyaalakkqaledefedv > 7zs9_X interface=192, siaaaalqanqtdiskshdsskllwateyiqkkgkpvlvnelldylsmkkddkviellkkldriefdpkkgtfkylstydvhspsellkllrsqvtfkgisckdlkdgwpqcdetinqleedskilvlrtkkdktpryvwynsggnlkcideefvkmwenvqlpqfaelprklqdlglkpasvdpatikrqRkgkitnthmtgilkdyshr > 7zs9_a interface=3,46, phRyrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaseaylvalfedtnlaaihakrvtimpkdiqlarrirger > 7zs9_b interface=25, vlrdniqgitkpairrlarrggvkRisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfgg > 7zs9_c interface=1,32,67, RakaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyaeRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktRiiprhlqlavrndeelnkllgrvtiaqggvlpniqsvllpkk > 7zs9_d interface=1,5, RrktRkesyaiyvykvlkqvhpdtgisskamsimnsfvndvferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsak > 7zs9_e interface=4,47, kphRyrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaseaylvalfedtnlaaihakrvtimpkdiqlarrirger > 7zs9_f interface=23, rdniqgitkpairrlarrggvkRisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfgg > 7zs9_g interface=30, kaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyaeRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlavrndeelnkllgrvtiaqggvlpniqsvllpk > 7zs9_h interface=3, ktRkesyaiyvykvlkqvhpdtgisskamsimnsfvndvferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsak
interface signature	//RRKHY/QICQD/T/QNVFALFVTNVFPLFVT/DRRMRPTVLRLWVLVFM/F//K/R/RR/R/RRR/RR/RR/R/R/R

Estimated binding specificities ?

readout + contact

# IC=10.603 IC/col=0.051 n_of_columns=209

specificity:

A |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  14  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  16  13  24  24  22  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  14  20  24  25  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  25  18  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  63  70  22  24  24  24  22  16  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  15  12  20  30  24  31  31  24  24  24  24  24  33  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  19  13  22  24  24  24  24  24  24  24  24  66   2  13  96   0  72   0  85  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24
C |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  13  45  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  14  56  24  24  27  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  56  19  24  22  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  30  22  18  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  31  24  24  24  24  10  10  30  24  24  24  20  48  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  15  12  22  22  24  21  21  24  24  24  24  24  21  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  16  13  22  24  24  24  24  24  24  24  24  10   2  10   0   0   8   0   3  24  24  30  24  24  24  24  24  24  24  24
G |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  56  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  14  13  24  24  25  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  13  38  24  27  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  27  18  30  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  13   8  22  24  24  24  34  16  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  15  60  20  22  24  21  21  24  24  24  24  24  21  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  45  13  25  24  24  24  24  24  24  24  24  10   4  10   0   0   8   0   5  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24
T |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  13  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  52  14  24  24  22  36  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  13  19  24  22  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  22  42  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  23  24  24  24  24  10   8  22  24  24  24  20  16  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  33  24  51  12  34  22  24  23  23  24  24  24  24  24  21  48  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  16  57  27  24  24  24  24  24  24  24  24  10  88  63   0  96   8  96   3  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24

scan!

home
updated Fri Dec 2 06:21:50 2022