7xzz_ABCDEFGHKLMN : 3D-footprint complex

Interface of input file ?

structure name	CRYO-EM STRUCTURE OF THE NUCLEOSOME IN COMPLEX WITH P53
experiment	NMR
links to other resources	NAKB PDIdb DNAproDB
protein sequence	> 7xzz_A interface=3, phRyrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlrfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirger > 7xzz_B interface=15,25, vlrdniqgitkpaiRrlarrggvkRisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfgg > 7xzz_C interface=1,32,67, RakaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyseRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktRiiprhlqlairndeelnkllgrvtiaqggvlpniqavllpkk > 7xzz_D interface=4, krsRkesysiyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsa > 7xzz_E interface=3,4,5,47, kpHRYrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirger > 7xzz_F interface=23, rdniqgitkpairrlarrggvkRisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfgg > 7xzz_G interface=30, kaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyseRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgrvtiaqggvlpniqavllpk > 7xzz_H interface= rsrkesysiyvykvlkqvhpdtgisskamGimnsfvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsak > 7xzz_K interface=155,183,184,187, sssvpsqktyqgsygfrlgflhsgtaksvtctyspalnkmfcqlaktcpvqlwvdstpppgtrvramaiykqsqhmtevvrrcphhercsdsdglappqhlirvegnlrveylddrntfrhsvvvpyeppevgsdcttihynymcnsscmggmnRrpiltiitledssgnllgrnsfevrvcACpgRdrrteeenlrk > 7xzz_L interface=27,28,183,184,187, sssvpsqktyqgsygfrlgflhsgtaKSvtctyspalnkmfcqlaktcpvqlwvdstpppgtrvramaiykqsqhmtevvrrcphhercsdsdglappqhlirvegnlrveylddrntfrhsvvvpyeppevgsdcttihynymcnsscmggmnrrpiltiitledssgnllgrnsfevrvcACpgRdrrteeenlrk > 7xzz_M interface=27,28,183,184,187,188, sssvpsqktyqgsygfrlgflhsgtaKSvtctyspalnkmfcqlaktcpvqlwvdstpppgtrvramaiykqsqhmtevvrrcphhercsdsdglappqhlirvegnlrveylddrntfrhsvvvpyeppevgsdcttihynymcnsscmggmnrrpiltiitledssgnllgrnsfevrvcACpgRDrrteeenlrk > 7xzz_N interface=27,28,183,184,187,188, sssvpsqktyqgsygfrlgflhsgtaKSvtctyspalnkmfcqlaktcpvqlwvdstpppgtrvramaiykqsqhmtevvrrcphhercsdsdglappqhlirvegnlrveylddrntfrhsvvvpyeppevgsdcttihynymcnsscmggmnrrpiltiitledssgnllgrnsfevrvcACpgRDrrteeenlrk
interface signature	R/RR/RRR/R/HRYR/R/R/G/RACR/KSACR/KSACRD/KSACRD

Estimated binding specificities ?

readout + contact

# IC=9.453 IC/col=0.061 n_of_columns=154

specificity:

A |  24  24  56  11  67   3   6  14  10  15  15  14  67   6  96   0  12  18   8  16  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  38  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  12  21  20  23  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  20  24  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  33  19  24  24  24  22  20  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  22  24  24
C |  24  24  14  67   9   5   6  52  63  49  17  14   9  78   0   0  12  42  74  48  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  19  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  60  21  20  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  34  24  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  34  24  24  24  24  24  21  19  24  24  24  22  34  24  24  24  24  24  24  24  23  24  24  24  24  24  24  24  24  24  30  24  30  24  24
G |  24  24  13   9  11   3  78  14  13  17  49  54  11   6   0   0  60  18   7  16  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  19  34  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  12  31  36  31  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  20  24  23  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  24  24  24  24  21  20  24  24  24  27  22  24  24  24  24  24  24  24  31  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  22  24  24
T |  24  24  13   9   9  85   6  16  10  15  15  14   9   6   0  96  12  18   7  16  48  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  12  23  20  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  22  24  31  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  24  24  24  24  21  38  24  24  24  25  20  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  22  24  24

scan!

home
updated Fri Dec 2 05:13:25 2022