7u0j_ABCDEFGH : 3D-footprint complex

Interface of input file ?

structure name	STRUCTURE OF 162BP LIN28B NUCLEOSOME
experiment	NMR
links to other resources	NAKB PDIdb DNAproDB
protein sequence	> 7u0j_A interface=3,46, phRyrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirge > 7u0j_B interface=23, rdniqgitkpairrlarrggvkRisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfg > 7u0j_C interface=31, akaksrssraglqfpvgrvhrllrkgnyaeRvgagapvymaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgkvtiaqggvlpniqavllpk > 7u0j_D interface=4, krsRkesysiyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytss > 7u0j_E interface=3,4,28, phRYrpgtvalreirryqkstellirkLpfqrlvreiaqdfktdlrfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirger > 7u0j_F interface= vlRDniqgitkpairrlarrggvkrisGliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfgg > 7u0j_G interface=31, akaksrssraglqfpvgrvhrllrkgnyaeRvgagapvymaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgkvtiaqggvlpniqavllpk > 7u0j_H interface=3, rsRkesysiyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytssk
interface signature	RR/R/R/R/RYL/RDG/R/R

Estimated binding specificities ?

contact

# IC=0.833 IC/col=0.006 n_of_columns=149

specificity:

A |  24  24  24  24  24  24  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  52  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  14  49  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
C |  24  24  24  24  24  24  39  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  34  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  14  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  52  15  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
G |  24  24  24  24  24  24  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  42  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  42  14  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  14  17  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
T |  24  24  24  24  24  24  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  34  24  24  30  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  16  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  16  15  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24

scan!

home
updated Sun Dec 17 12:53:33 2023