6yov_ABCDEFGHKL : 3D-footprint complex

structure name	OCT4-SOX2-BOUND NUCLEOSOME - SHL+6
source	HOMO SAPIENS / AEQUOREA VICTORIA, HOMO SAPIENS
experiment	NMR
links to other resources	NAKB PDIdb DNAproDB
protein sequence	> 6yov_A interface=1,2,3, HRYrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlrfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirge > 6yov_B interface= VLRdniqgitkpairrlarrggvkrisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfgg > 6yov_C interface=35, gkarakaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyseRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgrvtiaqggvlpniqavllp > 6yov_D interface= srkesysiyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfVndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsa > 6yov_E interface=2, hRyrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlrfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirge > 6yov_F interface= lRdniqgitkpairrlarrggvkrisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfg > 6yov_G interface=35, gkarakaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyseRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgrvtiaqggvlpniqavllp > 6yov_H interface= rkesysiyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfvNdiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsa > 6yov_K interface= alqkeleqfakllkqkritlgytqadvgltlgvlFgkvfsqtticrfealqlsfknmcklrpllqkwv > 6yov_L interface=3,6,8,9,16,28,29,32,70, vkRpmNaFMvwsrgqRrkmaqenpkmhNSeiSkrlgaewkllsetekrpfideakrlralhmkehpdykYrpr
interface signature	HRY/VLR/R/V/R/R/R/N/F/RNFMRNSSY

Estimated binding specificities ?

readout + contact

# IC=6.515 IC/col=0.050 n_of_columns=131

specificity:

A |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  23  42  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24   7   6   0   0   0   4  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  21  18  24
C |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  42  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  31  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  34  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  74   6   0   0   0   4  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  31  18  24
G |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24   8   6   0   0  96   4  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  21  18  24
T |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  30  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24   7  78  96  96   0  84  42  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  23  42  24

scan!

home
updated Wed Nov 30 20:14:43 2022