interface graph thumbnail
legend  pdf

structure nameRNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX BOUND WITH SPT4/5 AND FOREIGN DNA, STALLED AT SHL(-1) OF THE NUCLEOSOME, WEAK ELF1 (+1 POSITION)
sourceHOMO SAPIENS
experimentNMR
links to other resourcesNAKB PDBSum PDIdb DNAproDB
protein sequence
interface signatureKR/RKKDK///RR/ND/R/R/R/I

Estimated binding specificities ?

contactlogo
# IC=3.811 IC/col=0.031 n_of_columns=121 specificity:   
A |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  12  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  20   0  19  24  74  21  27   0  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
C |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  36  12  34  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  19   0  39  24   8  21  22  96  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
G |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  23  24  34  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  60  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  30  24  19   0  19  24   7  33  22   0  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
T |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  31  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  12  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  38  96  19  24   7  21  25   0  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
scan!

home
updated Tue Nov 29 20:57:32 2022