5gse_ABCDEFGHKLMNOP : 3D-footprint complex

structure name	CRYSTAL STRUCTURE OF UNUSUAL NUCLEOSOME
reference	Kurumizaka et al. Science 356 205 2017
source	HOMO SAPIENS
experiment	X-ray (resolution=3.14, R-factor=?)
links to other resources	NAKB PDIdb DNAproDB
protein sequence	> 5gse_A interface=2,45, hRyrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirger > 5gse_B interface=25, vlrdniqgitkpairrlarrggvkRisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfgg > 5gse_C interface=27, trssraglqfpvgrvhrllrkgnyseRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgrvtiaqggvlpniqavllp > 5gse_D interface=2, sRkesysiyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkyts > 5gse_E interface=3,4,28,46, phRYrpgtvalreirryqkstellirkLpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirger > 5gse_F interface=13,23, rdniqgitkpaiRrlarrggvkRisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfg > 5gse_G interface=3,34, kaRakaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyseRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgrvtiaqggvlpniqavllp > 5gse_H interface= keSysiyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfvNdiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsa > 5gse_K interface=37, alreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirger > 5gse_L interface=21, niqgitkpairrlarrggvkRisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrq > 5gse_M interface= akaktrssraglqfpvgrvhRllrkgnyservgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgrvtiaqggvlpniqavllp > 5gse_N interface=2, sRkesysiyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsa > 5gse_O interface=2,27,45, hRyrpgtvalreirryqkstellirkLpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirger > 5gse_P interface= vLrdniqgitkpairrlarrggvkriSgliyeetrgvlkvflenVirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfg
interface signature	RR/R/R/R/RYLR/RR/RR/SN/R/R/R/R/RLR/LSV

Estimated binding specificities ?

contact

# IC=1.516 IC/col=0.006 n_of_columns=245

specificity:

A |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  18  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  24  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  23  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  19   6  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  19  18  24  24  24  22  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  20  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  27  20  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  22  22  22  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  36  21  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  23  23  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24
C |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  18  30  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  38   6  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  19  18  24  24  24  34  23  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  20  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  25  36  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  30  27  30  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  21  23  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  31  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24
G |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  42  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  24  38  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  31  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  78  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  18  24  24  24  20  31  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  36  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  22  20  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  22  22  22  45  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  33  31  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  34  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24
T |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  18  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  42  24  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  19   6  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  38  42  24  24  24  20  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  20  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  22  20  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  22  25  22  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  21  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  31  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24

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updated Tue Nov 29 04:45:44 2022