1tf3_A

A |   8   8   4   4   0   0   0  96   0  28   0
C |   0  12  84  12  96  96  96   0   0  56  96
G |  32   8   4   8   0   0   0   0   0   8   0
T |  56  68   4  72   0   0   0   0  96   4   0

  
  NGKT--WTKG--------HTHGRGTGTT--ACNA--KGRG   L                            +1tf3_A    
                                                                        +-2 
  --KG--WTKA--------HCHGRG--TA--ACNA--KGRG   L               +----------3 +1tf6_A    
                                                             !          ! 
  --RGSTDAHARG--RGSTDCHGTT--RG--DAEG--RG--   L             +-5          +-5kl3_A    
                                                           ! ! 
  ------------RGST--YGYC----QC--TGSTRGYT--               +-6 +------------4is1_C    
                                                         ! ! 
  --EC----KGRG--LT--FCNA----QA--TTNA------   L       +---7 +-------------1ubd_C    
                                                     !   ! 
  --RA----NC------ATSGDCKG--DCPTSGSARTKG--   L       !   !    +---------2gli_A    
                                                     !   +----4 
  --QA--TCNA----QAHTTT--QA--TTLAHGTCDTRG--   L   +---8        !         +1g2d_F    
                                                 !   !        +---------1 
  --RG--DAQARG--RGSTDCHGTT--RG--DAEG--RG--   L   !   !                  +6b0o_A    
                                               --9   ! 
  --EC--SCKGRG----TCYCKARG--QA----TC------       !   +------------------5yeg_A    
                                                 ! 
  --------YG----WT--WTSTET--FTVASGDCSART--   L   +----------------------6a57_A