,Espinosa Angarica,V. et al.(2008) Prediction of TF target sites based on atomistic models of protein-DNA complexes. BMC Bioinformatics, 9:436. ,Fri Dec 15 06:53:48 2023 entries=611 ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- , AMINOACIDS THYMINE CYTOSINE ADENINE GUANINE AMINOACIDS ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- , C2 C4 C5 C5M/C7 C6 C2 C4 C5 C6 C8 C5 C6 C2 C4 C8 C5 C6 C2 C4 ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- , , ARG R ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ARG R CB -7.107 -7.107 -7.107 0.980 -7.107 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -7.107 -7.107 -7.107 0.980 -7.107 - - - - - - - - - - - - - - CG CZ -7.107 -7.107 -7.107 2.079 -7.107 - - - - - - - - - - - - - - CZ , LYS K ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- LYS K CB -6.168 -6.168 -6.168 2.248 -6.168 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -6.168 -6.168 -6.168 2.066 -6.168 - - - - - - - - - - - - - - CG CE -6.168 -6.168 -6.168 2.536 -6.168 - - - - - - - - - - - - - - CE , SER S ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- SER S CB -5.509 -5.509 -5.509 3.053 -5.509 - - - - - - - - - - - - - - CB , THR T ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- THR T CB -4.920 -4.920 -4.920 3.438 -4.920 - - - - - - - - - - - - - - CB CG2 -4.920 -4.920 -4.920 4.131 -4.920 - - - - - - - - - - - - - - CG2 , ASN N ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ASN N CB -5.953 -5.953 -5.953 1.889 -5.953 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.953 -5.953 -5.953 2.582 -5.953 - - - - - - - - - - - - - - CG , GLN Q ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- GLN Q CB -5.631 -5.631 -5.631 1.788 -5.631 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.631 -5.631 -5.631 3.174 -5.631 - - - - - - - - - - - - - - CG , HIS H ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- HIS H CB -4.718 -4.718 -4.718 4.022 -4.718 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -4.718 -4.718 -4.718 2.924 -4.718 - - - - - - - - - - - - - - CG CD2 -4.718 -4.718 -4.718 -4.718 -4.718 - - - - - - - - - - - - - - CD2 , TYR Y ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- TYR Y CB -4.913 -4.913 -4.913 4.747 -4.913 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -4.913 -4.913 -4.913 3.648 -4.913 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -4.913 -4.913 -4.913 4.564 -4.913 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -4.913 -4.913 -4.913 3.648 -4.913 - - - - - - - - - - - - - - CD2 CZ -4.913 -4.913 -4.913 5.440 -4.913 - - - - - - - - - - - - - - CZ , ALA A ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ALA A CB -3.497 -3.497 -3.497 5.459 -3.497 - - - - - - - - - - - - - - CB , GLU E ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- GLU E CB -5.318 -5.318 -5.318 1.587 -5.318 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.318 -5.318 -5.318 2.502 -5.318 - - - - - - - - - - - - - - CG , ILE I ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ILE I CB -2.944 -2.944 -2.944 -2.944 -2.944 - - - - - - - - - - - - - - CB CG1 -2.944 -2.944 -2.944 4.835 -2.944 - - - - - - - - - - - - - - CG1 CG2 -2.944 -2.944 -2.944 6.914 -2.944 - - - - - - - - - - - - - - CG2 CD1 -2.944 -2.944 -2.944 -2.944 -2.944 - - - - - - - - - - - - - - CD1 , ASP D ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ASP D CB -5.268 -5.268 -5.268 2.616 -5.268 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.268 -5.268 -5.268 2.616 -5.268 - - - - - - - - - - - - - - CG , VAL V ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- VAL V CB -3.584 -3.584 -3.584 3.830 -3.584 - - - - - - - - - - - - - - CB CG1 -3.584 -3.584 -3.584 5.909 -3.584 - - - - - - - - - - - - - - CG1 CG2 -3.584 -3.584 -3.584 5.970 -3.584 - - - - - - - - - - - - - - CG2 , CYS C ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- CYS C CB -2.708 -2.708 -2.708 5.068 -2.708 - - - - - - - - - - - - - - CB , PHE F ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- PHE F CB -3.638 -3.638 -3.638 5.656 -3.638 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -3.638 -3.638 -3.638 5.146 -3.638 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -3.638 -3.638 -3.638 4.047 -3.638 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -3.638 -3.638 -3.638 6.349 -3.638 - - - - - - - - - - - - - - CD2 CZ -3.638 -3.638 -3.638 6.937 -3.638 - - - - - - - - - - - - - - CZ , LEU L ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- LEU L CB -3.367 -3.367 -3.367 4.289 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -3.367 -3.367 -3.367 4.289 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -3.367 -3.367 -3.367 5.588 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -3.367 -3.367 -3.367 5.588 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CD2 , MET M ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- MET M CB -2.890 -2.890 -2.890 5.658 -2.890 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -2.890 -2.890 -2.890 5.658 -2.890 - - - - - - - - - - - - - - CG CE -2.890 -2.890 -2.890 6.757 -2.890 - - - - - - - - - - - - - - CE , TRP W ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- TRP W CB -3.219 -3.219 -3.219 5.359 -3.219 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -3.219 -3.219 -3.219 5.359 -3.219 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -3.219 -3.219 -3.219 7.150 -3.219 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -3.219 -3.219 -3.219 5.359 -3.219 - - - - - - - - - - - - - - CD2 , PRO P ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- PRO P CB -2.996 -2.996 -2.996 5.661 -2.996 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -2.996 -2.996 -2.996 6.200 -2.996 - - - - - - - - - - - - - - CG