| structure name | CRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL LAGLIDADG HOMING ENDONUCLEASE, I-ONUI (FROM OPHIOSTOMA NOVO-ULMI SUBSP. AMERICANA) (Ribosomal protein 3homing endonuclease-like protein fusion) |
| reference | Stoddard et al. Proc.Natl.Acad.Sci.USA 108 13077 2011 |
| source | Ophiostoma novo-ulmi subsp. americana |
| experiment | X-ray (resolution=2.40, R-factor=0.191) |
| structural superfamily | Homing endonucleases; |
| sequence family | LAGLIDADG endonuclease; |
| reference complex | 6bd0_A |
| links to other resources | NAKB  PDIdb DNAproDB |
| protein sequence | |
| interface signature | SRRNKSSEQTSASKCFNIQQTYKKKFWDT |
Estimated binding specificities ?
| readout + contact |  |
A | 3 24 1 0 0 80 0 80 24 87 24 0 0 88 76 0 0 0 0 0 3 C | 7 24 7 96 96 0 96 6 24 3 24 0 96 0 10 89 96 0 0 0 6 G | 10 24 0 0 0 5 0 7 24 3 24 0 0 3 7 0 0 0 0 0 3 T | 76 24 88 0 0 11 0 3 24 3 24 96 0 5 3 7 0 96 96 96 84scan! |
Dendrogram of similar interfaces ?
matrix formatSA--RGRG--NT--KTST----STEC--QGTT----------ST----AT--KG----CAFC--NTIT--------QAQA----TA--YAKG--KG--KG--FTWT--------TA-- L +3qqy_A ! SCMCRG--RG------------YTST--ECTT----------RG----TTRG----WTTTYT--HG----------YCRGRGIT------QC--KA--------MCHT------TGKT L ! +5thg_A ! +-1 ------RA--RG--------RTRGSTRTQGTA----------SC----ATMCRGTC--HC----NAKT--------YA--RG--SA----RT--KG--KG--FTWTEC--ET--TT-- L +-10 +-4 +5t2h_A ! ! ! ! STIGRGRG--------MC----LTEC--STKG------TT--NA------MGRTSCWGHT----NCWC--RG------QG----ST--YGLA--KG--RG--LTWC----RG--TG-- L ! ! +-5 +5t2n_A ! ! ! ! STSTYC----------------ECRG------------TA--AA----VAQTRT--WTYC------------AT--QARTRGEC------YA--KG--KG--RTWC------------ L +-12 +-8 +5t2o_A ! ! ! SC--YT------------------RGKGTTTC--IG--AC--NA----AT--IC--WAHT----ECIT--------HTRGRGETAA----YT--QA--YT--RTWCRG--ST--ST-- L ! ! +5t8d_A +-13 ! SA--RGRG--NT--KTST----STEC--QGTA----------ST----AT--KG----CAFC--SCIT--ST--STQAQA----TA--YAKG--KG--KG--FTWCEA------TA-- L ! ! +4yhx_A ! ! --MTHTEC--------------RGRG--QGKG--------NT------ET--KTRG--SG----------------YTST--RGST------NT--HTNC----AT----VT--RG-- L ! +4z1x_A ! SGMGRGRG------KTYA----LTVT----TT------KT--SC--------RGEC--SAKG--IG------SGITQAIA--QATC----EC--DT--RG----WTYC------TC-- L +---15 +4lox_A ! ! +-6 ST--NAVT--HG--TCNA----ATLCYCECAT--------YG--NADCTCKTKGSA--CTFT--ST--ST--KTSTATQA--KTTG--RAET--RG--------ATDT------TA-- L ! ! ! +4lq0_A ! ! +-9 STMG----------KGYC----RT--RGVTSA------FC--MC----STQTRGEC--CTST--VAFTST--TCSCATKA--ITTC----ST----------RGTC----KT--TG-- L ! ! ! ! +5esp_A +-17 +-14 +-7 SGMGTASG--------RA------RGRGRG------------------DTRGRCEC--SAYC--RA--NT--TCLTQAQA--QATG--------RG--RG----CC--------TA-- L ! ! ! +3r7p_A ! ! ! CGRG----------ST------RGQTFAQGNG------HC--SC----LAQGRGQA--CCMT----ACST--AT--QAYA--ICTA----RT------KGRTVA----EC--QT---- L +-----18 ! +-4yit_A ! ! ! SGSTLGQG------KTYA----RGKGVT----------HC--HG------QTRTDC--SANA--KGSCST--TASARGQGRG------------------------RT--EA--VG-- L ! ! +-------4yis_A ! ! YCSTTC------------KG--YCTGET--EC------RG--------MA--RGRG--CCST--YG----------YTITSTDT--AT--------YA----TTCCRT--KT--TA-- L +-----19 +---------3uvf_B ! ! ----------------------------------------------------------SANC--SCKGLT--------DAECNATG----RC--KGST----------------DAQA L ! ! +-------2ex5_A ! ! ! SGIGQAKG------SC------KG----KGTA------YC----ST--VG--YA---------------------------------------------------------------- L ! ! ! +6fb0_B ! +-------16 +-2 STITQAKG--RG--STNT----QTST--ATTC------YT----SC--VCDTRGST-------------------------------------------------------------- L -20 ! +-3 +3mxb_B ! ! ! ! SGIGQAKG--NC--SC------RGQG--DGTA--YC--AT----SC--VCKGRG---------------------------------------------------------------- L ! +-----11 +6fb0_A ! ! SAYCLCIT--RGDCYA------QG------IGNA--RG----RG--DTIC--RG---------------------------------------------------------------- L ! +2fld_B ! ----------------------------------------------------EC------WADT----------------------------------NCKT---------------- L +-----------------------3c0w_A |
home
updated Mon Dec 18 08:53:21 2023