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legend  pdf

structure nameCRYSTAL STRUCTURE OF A DESIGNED ZINC FINGER PROTEIN BOUND TO DNA
referenceBerg et al.
experimentX-ray (resolution=2.20, R-factor=0.224)
structural superfamilyC2H2 and C2HC zinc fingers;
sequence familyZinc finger, C2H2 type;
multimeric complexes1mey_CF
links to other resourcesNAKB PDBSum PDIdb DNAproDB
protein sequence
interface signatureQSNKQSDKRDHR

Estimated binding specificities ?

readout + contactlogo
# IC=11.515 IC/col=1.152 n_of_columns=10 specificity:   
A |   0  38   0   0   0  96   0  96  96   0
C |   0  19   0   0  96   0   0   0   0  76
G |  96  19  96  96   0   0  96   0   0   1
T |   0  20   0   0   0   0   0   0   0  19
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Dendrogram of similar interfaces ?

matrix format
  
  FT----KAYT----WT--WTST--ET--FTVASGDCSARG--   L                             +6jnm_A    
                                                                  +----------1 
  --QA--TTNA--STQAQTATSTNTAT--TTLAHGTC--RG--   L                  !          +1g2f_F    
                                                                +-9 
  --KG--WTKA--------HCHG--RG--TA--ACNA--KGRG   L                ! !           +1tf6_A    
                                                                ! !         +-3 
  NGKT--WTKG--------HTHG--RGTGTT--ACNA--KGRG   L            +--12 +---------5 +1tf3_A    
                                                            !   !           ! 
  --RGSTDAHARG--RGSTDCHG--TT--RG--DAEG--RG--   L            !   !           +5kl3_A    
                                                       +---13   !  
  --RG--DAQARG--RGSTDCHG--TT--RG--DAEG--RG--   L       !    !   +------------6b0o_A    
                                                   +--16    !  
  --EC--SCKGRG----TCYCKA--RG--QA----TC------       !   !    +----------------5yeg_A    
                                                   !   !  
  --------YG----WT--WTST--ET--FTVASGDCSART--   L   !   +---------------------6a57_A    
                                                   !  
  --EC--SCKGRG----TCYCKA--RGTCQAST--TC------   L   !                      +-------5yef_B    
                                                   !         +------------8 
  --DC--YCKGRG--QA----TC------RC--SCDC--VT--   L   !     +--15            +-------5k5i_A    
                                                   !     !   !  
  TTAT--SCSC----DC--SGATRARG--RG--DCNA------   L   !     !   +--------------------6ml4_A    
                                                 -20     !  
  --EC--SCKGRG--DG--YCKG--RGTCQA----TC------   L   !     !                      +--5t0u_A    
                                                   !     !             +--------6 
  --DC--SANA----WC--SCVG--RG--DC--SGNA------   L   !     !     +------10        +--5v3g_A    
                                                   !  +-18     !       !  
  --EC--SCKGRG--DCTCYCKG--RG--QA----TC------   L   !  !  !     !       +-----------5und_A    
                                                   !  !  !  +-14  
  --QARGATNA----QA--ATHG------RG--DCNA--TT--   L   !  !  !  !  !                   +2i13_A    
                                                   !  !  !  !  !      +------------2 
  ----TTTGECRG--RG----ET------RG--SCEC--RG--   L   !  !  !  !  !      !            +5v3j_F    
                                                   !  !  +-17  +-----11  
  --VT----NARG------ETTG------YG--ST--------       +-19     !         !         +--6e94_A    
                                                      !     !         +---------7 
  --EC--SGKGRG--DG--YCKG--RG--QA----TC------   L      !     !                   +--5k5h_A    
                                                      !     !  
  ------TCSGRG--LT--ETYC------NTYGQG--------   L      !     +---------------------6dfb_A    
                                                      !  
  RGST--YGYC----QC--TGSTRAYT----------------   L      !                        +3uk3_C    
                                                      +------------------------4 
  --NT--STNAVT--QTSTSGKG--RG----------------   L                               +6u9q_A    
                                                 

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